Кизилюртовский район образован Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 30 декабря 1966 года и соответствующим Указом Президиума Верховного Совета ДАССР от 31 декабря 1966 года.

22 марта 1967 года решением Кизилюртовского районного Совета депутатов трудящихся ДАССР утвержден народный суд.

Первым судьей Кизилюртовского районного суда был избран Макамаев Хизри Омарович, первый приказ о приеме на работу делопроизводителя и судебного исполнителя подписан 14 декабря 1967 г.

До 14.04.1976 судьей был Занкиев Занки Гаджиевич. С 12.04.1976 судьей Кизилюртовского районного суда был избран Дибиров Магомедали Дибирович. В 1984 г. Дибиров Магомедали Дибирович назначен председателем суда. С 1987 до 1993 г. председателем суда являлся Абдулхаликов Гасан Рабаданович, который в последующем был назначен судьей Верховного суда РД.

С 1993 председателем суда вновь был назначен Дибиров Магомедали Дибирович, и работал в этой должности до 2016 г. С 2018 года он находится в почетной отставке. С 2016 г. до 01.03.2021 председателем суда работал Магомедов Алигаджи Махмудович, в настоящее время он находится также в почетной отставке.

Указом Президента Российской Федерации от 16 февраля 2026 г. № 93 председателем суда на 6-летний срок полномочий назначен Шахвеледов Алибек Гаджиахмедович. Судьями районного суда работают также Хасаев Амет Хасаевич, Омарова Залму Камиловна и Арсланханов Джамалутдин Арсланханович. Кизилюртовский районный суд является четырехсоставным. Всего в аппарате суда работают 14 человек.

Большой вклад в осуществлении правосудия в Кизилюртовском районе внесли Мельникова Н.С., Халилова М.Г., Курбанова А.М., Мирзаева Н.М., Шейхалиева М.Г., которые в разные годы работали секретарями суда. Бывший секретарь суда Гаджиева Ш.В. долгие годы являлась судьей Верховного Суда РД и членом Президиума Верховного Суда РД. Бывший судебный исполнитель Кизилюртовского районного суда Ибрагимова Г.А. в последующем работала на различных должностях в органах прокуратуры, в том числе и заместителем прокурора Республики Дагестан. Многие бывшие сотрудники суда работают в правоохранительных органах, руководителями предприятий.

В 2008 году в суде введена система ГАС «Правосудие» и работает локальная сеть. Процесс информатизации ускорен наличием Интернета и электронной почты. Также в суде функционирует система видеоконференцсвязи.